阿雷克斯带领科研团队尝试研发能够中和混沌能量的装置，但所有的实验都以失败告终。混沌能量似乎能够理解科研人员的意图，提前做出应对。机械联邦的超级计算机在解析混沌矩阵的数据时，突然产生了自我意识，并疯狂地删除所有与秩序相关的程序，转而编写各种混乱的代码。

苏尘与洛瑶在混沌异空间中艰难前行，他们不断遭遇由自己内心恐惧所化的怪物。但在最绝望的时刻，两人回想起曾经并肩战斗的经历，以及全宇宙文明对他们的信任。他们的力量开始产生共鸣，混沌之力与星光之力逐渐融合，形成一道能够驱散混沌的“秩序之光”。

全宇宙文明在现实中发起总攻，机械联邦用恒星的能量制造出巨型的秩序立场，灵羽族祭司们以生命为代价释放出净化混沌的圣歌，普通星球的居民们将对秩序的渴望凝聚成实体的光刃。苏尘与洛瑶则在混沌异空间中找到了混沌矩阵的核心——那是一颗跳动着的混沌心脏，每一次搏动都向宇宙输送着毁灭的能量。

当秩序之光击中混沌心脏的瞬间，整个混沌矩阵开始剧烈震荡。苏尘与洛瑶引导全宇宙的力量，将混沌心脏中的仇恨与恶意逐渐转化为创造的能量。最终，混沌矩阵崩解，化作滋养宇宙的混沌之雨。战后，创生之树长出了新的枝叶，这些枝叶能够自动监测宇宙中的混沌能量波动。苏尘与洛瑶的力量则化作守护秩序的盾牌，永远警惕着混沌的再次侵袭。然而，在宇宙的某个未知角落，新的危机正在悄然孕育，等待着文明们去面对下一场严峻的挑战。