阿雷克斯带领科研团队启动“灵熵中和计划”，试图用机械联邦研发的“平衡核心”重新校准两种能量。然而，当核心接触熵能时，却触发了祭坛的防御机制，整座星球的地壳开始剧烈震动，无数道熵能柱破土而出，将天空染成漆黑。灵羽族祭司们燃烧生命本源发动“万灵归灵”仪式，却只能延缓熵能扩散，无法阻止祭坛的启动。

苏尘与洛瑶在地心深处找到了熵寂祭坛的核心——那是十二块熵能石板组成的环形装置，每块石板都对应着一种文明的毁灭方式。当两人试图摧毁装置时，石板突然发出刺耳的尖啸，释放出能吞噬灵魂的熵能风暴。千钧一发之际，苏尘想起创生之树赋予的力量，他与洛瑶将混沌之力、星光之力与创生之力融合，形成一道能逆转熵流的“时光之锚”。

时光之锚击中祭坛的瞬间，熵能风暴开始逆向旋转，十二工匠的骸骨逐渐化作尘埃，祭坛底部露出一条通往宇宙之初的时光隧道。在隧道尽头，苏尘与洛瑶看到了灵能与熵能的本源——它们本是同一种能量的两面，如同光与影般不可分割。当他们将平衡之力注入本源，整个宇宙的灵熵平衡终于恢复，创生之树的熵寂之露化作滋养万物的灵能雨。

战后，灵幻星的地心被改造成“平衡圣殿”，十二块熵能石板被重新雕刻成文明的警示录。苏尘与洛瑶的力量化作守护圣殿的双生星，永远照亮灵能与熵能的交界。而在宇宙的某个角落，新的危机正在熵能与灵能的交汇处孕育，等待着文明们去揭开下一段未知的篇章……